Teşvik sistemlerinde genellikle üç ödeme modeli bulunur:
Geri ödeme modeli: Firma hizmeti alır, ödemesini yapar ve daha sonra hibe tutarı iade edilir.
Proforma model: Hizmet alınmadan önce ön onayla beraber ödeme yapılır.
Alacağından vazgeçme modeli : Bu yatırım teşvik sisteminde işleyen, ilgili kurumun kdv, gümrük vergi ve sgk gibi alacağından feragat etmesi üzerine kuruludur.
Hangi yöntemin geçerli olduğu başvurulan kuruma (KOSGEB, Ticaret Bakanlığı, TÜBİTAK vb.) göre değişiklik gösterebilir.